横から失礼します。
＞色を塗ると線の上に色が被ってしまいます。どうすれば線はそのままで色を塗ることができますか？
とのことですが、線画レイヤを参照レイヤに設定したあとこの線画レイヤより下に
塗りつぶし用のレイヤを作成して「塗りつぶし（主線を参照）」ツールなど
参照レイヤを参照して塗りつぶしのできるツールを使うことで
線の上に色がかぶることなく塗りつぶしができるかと思います。
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1.まずクリスタを立ち上げ、塗りつぶしを行いたいファイルを開きます。
（それとこのファイルの余白がまだ透過されていないようでしたら
レイヤパレットから線画レイヤを選択しておき「編集」→「輝度を透明度に変換」で
あらかじめ余白を透過しておいてください。
（「用紙」レイヤを非表示にしてみて背景（余白）がグレーのチェック模様で表示されていれば
余白が透明になっていることになります））
2.ファイルが開けたら次にレイヤパレットから線画レイヤを選択したあと
「レイヤ」→「レイヤ設定」→「参照レイヤに設定」をクリックして
線画レイヤを参照レイヤに設定します。
3.線画レイヤを参照レイヤに設定できたら次に「レイヤ」→「新規ラスタレイヤ」で
新規レイヤを作成したあと「レイヤ」→「並べ替え」→「背面へ」で
この新規レイヤを線画レイヤより下へ移動します。
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↓
4.あとはレイヤパレットから（3）で作成した新規レイヤを選択して
「塗りつぶし（主線を参照）」や「閉領域フィル（主線を参照）」など
参照レイヤを参照して塗りつぶしのできるツールで塗りつぶせば完了です。
（下図では分かりやすいように塗りつぶし後に線画レイヤを少し移動しています）
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以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、
少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
ご記載いただいた状況ですと、線を描かれているレイヤーの上にある
レイヤーに対して色を塗られている状態かと思われます。
[レイヤー]パレットにて線を描かれているレイヤーを一番上に移動して
頂き、ご希望の状態となるかご確認下さい。
よろしくお願いいたします。