線画の色を変えたいということですが、やはり一番良いのは各レイヤーに分けて線画を描くという事です。
例えば、【線画】というフォルダを作っておいて、その中に【髪】レイヤー、【肌】レイヤーを作り
最終的に、透明ピクセルをロックして合うような色に塗りつぶす…みたいな感じでしょうか。
こういうのが面倒だったりする場合は、
１．線画レイヤーだけを複製
２．統合後に透明ピクセルをロック
３．ちょっと濃い色に塗りつぶし
（個人的に茶色が柔らかい感じになるので好きです。青だとクールな感じになります）
４．線画レイヤーの合成モードを乗算にする
これだけでも下の色をきちんと塗っていれば結構馴染みます。
線画をアナログの水彩を使った時の様に～は
１．線画レイヤーをコピーします。
２・透明ピクセルをロックして明るい色で塗りつぶし、透明ピクセルをロックを外します。
３．そのレイヤーに【フィルター】→【ぼかし】→【ガウスぼかし】で好みでぼかして
合成モードと透明度をを自分のイメージに合うものに変更します。
（個人的には【焼き込みカラー】がオススメです）
これに一番上に、どこかからダウンロードしてきた紙テクスチャなんかを置いて
合成モードと透明度を変更したら結構イメージに近くなるんじゃないでしょうか？
ちなみに透明ピクセルをロック～はしなくても線画レイヤーをべた塗りレイヤーで作っておけば、
【オブジェクトツール】選択時にカラーサークルなんかで色を実際に見ながら調節出来ます。
こんな感じで大丈夫でしょうか？
ご希望の操作になるかと思います。
なお、標準ではカラーサークルが表示されておりますが、[ウィンドウ]メニューの[カラーセット]の
チェックを有効にすると、カラーセットパレットにて色を選択することもできます。
また、線画をアナログの水彩を使った時のようにとご連絡をいただいておりますが、[筆]ツールを
選択後、[サブツール]パレットにて、「透明水彩」や「水多め」などを選択してご希望の描画になるか
お試しください。
※[ツールプロパティ]パレットにて、「絵の具量」などのパラメータを調整もお試しください。
上記にて、ご希望の描画にならない場合は、どのように相違があるかご連絡ください。