投稿させていただいたばかりで申し訳ないのですが、原因がわかりました。
イラストスタジオから読み込んだツールを使用していたことが原因でした。
確かイラストスタジオからツール設定の書き出しをしてクリップスタジオペイントに読み込んだと思いますが、
その際、クリップスタジオペイントのサブツール詳細を開いて合成モードを確認したところ、こちらが透明度置換になっておりました。
描画系はみんな初期値でこの設定になってしまうようです。
こちらを通常にすればアンチエイリアス処理ができました。
これが私だけの環境のせいなのかわかりませんが、とにかく解決することができました。
どうもありがとうございました。
こちらで透明ピクセルをロックしたレイヤーに対して、ペンツールで描画を行い
アンチエイリアスが無効になってしまう状況を再現することができておりません。
お客様の場合は特定のlipファイルで発生する現象でしょうか。
または新規にキャンバスを作成して、何らかの描画を行い透明ピクセルをロック
して、Gペンで描画したときにもアンチエイリアスが無効になってしまうのでしょうか。
現象が発生するlipファイルをお持ちの場合はこちらまでデータ便でお送りいただけ
ますでしょうか。常に発生する現象であれば単純な描画を行ったキャンバスの
lipファイルでも結構です。
お手数ですが、以下のデータ便サービスでファイルをアップロードしていただき、
ファイルのダウンロード用のURLをお知らせください。
■データ便
http://www.datadeliver.net/
[ライトプラン]をご利用ください。
100MBまでのデータを無料で送信することができます。
１．[・データ便]が選ばれていることをご確認の上、[ファイルの選択]にファイルを
ドラッグ＆ドロップするとデータのアイコンが表示されます。
同じ操作で複数のファイルを追加することもできます。
有効期限、パスワード設定、ダウンロード通知はそのままでご利用ください。
２．[利用規約に同意する]チェックボックスを有効にして[アップロード]ボタンを
クリックすると、データのアップロードが開始されます。
データの量、ネットワーク回線の状態によってお時間がかかることがありますが、
アップロード中 はそのままお待ちください。
３．「ファイルアップロード完了]メッセージが表示されたら[URL取得画面へ]ボタンを
クリックします。
４．「ダウンロードURL」欄にお客様がアップロードしたデータ専用のダウンロードURL
が表示されますので、[COPY]ボタンをクリックして、以下の宛先までメールにて
送信してください。
[短縮URLの発行]から[作成]ボタンをクリックすると、短縮されてメールなどに貼り
付けやすいアドレスに変換することもできます。
宛先
・セルシスユーザーサポート
・tech@celsys.co.jp
・「問い合わせ：34503」と記載をお願いします。
・ご利用のCLIP STUDIO PAINT PROのバージョンをお知らせください。
[ヘルプ]メニュー→[バージョン情報]でご確認いただけます。
・現象の発生するペンのサブツールをお知らせください（Gペン、丸ペンなど）
・お客様のCLIP STUDIO PAINT上でアンチエイリアスが無効になっている状態の
キャンバスをスクリーンショットで画像保存していただき、メールに添付して
ください。
※お送りいただいたデータは不出管理させていただき、データ検証など完了次第、
速やかにローカル及びサーバー上からも削除いたします。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。