nagato0000さまこんにちは。朧月夜に舞う胡蝶と申します。
横から失礼します。
クリスタで色深度を変えて書き出す方法についてですが、
現在のクリスタでは保存の際に表現色などを変更できませんので
レイヤの表現色に関わらずすべてカラー（24bit）で保存されてしまうようです。
ですのでコミスタをお持ちでしたらフォトショ形式（psd形式）など
コミスタで読めるファイル形式でとりあえず保存したあと、
これをコミスタに持ち込んでこちらで正式に書き出しとされたほうがよろしいかと。
（わたしはコミスタを持っていませんので、もしかしたら違うかもしれませんが
イラスタでは保存の際に表現色を変更することが可能ですから
おそらくコミスタでも可能なんじゃないかなと（もし不可能でしたら申し訳ありません））
もしコミスタで表現色を変更しての保存が不可能な場合は
「疾風 -Tokikaze-」がフォトショ形式のファイルも読めて便利ですので
一度お試しになられてみてもよろしいかと思います（フリーウェアですので無料です）
それとわたしが知らないだけで現在のクリスタでももしかしたら
色深度を変更しての保存が可能かもしれませんので、
そのあたりの詳しいことにつきましては担当さまなど
もっとクリスタに詳しい方に質問なさってください。
以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、
少しでも参考になりましたら幸いです。
乱文失礼いたしました。