こんにちは。えいみと申します
こちらに回答があります
http://www.clip-studio.com/clip_site/support/help/detail/svc/65/tid/34349
ちなみに、私の場合ですが念には念を入れツール系素材はサブツールパレットから、グラデーションもサブツールパレットから、カラーセット、アクションもそれぞれのパレットから書き出しをして保存しています。
ついでに、画像素材は新規キャンバスに素材を貼り付けbmp形式と透過画像素材は透過pngで保存してあります。
リカバリや不慮の事態に備えて。ちなみにダウンロードした素材は初めて取得した日から180日間は有償無償問わず。再ダウンロードできます。（問い合わせ済み）
ついでに言えば初期化起動すると追加した素材とカスタマイズした設定も初期化するので再登録することも考えてあります。
取り留めないことですが
参考になれば幸いです。