サブツールのバックアップを取りたい場合は、サブツールパレットの
左上のメニューボタンから[サブツール]の書き出しを選択し、
sut形式のファイルとして保存してください。
なお、一部の初期収録ツールは、ショートカットなどで用いることが多いため、
ツールパレット上から削除した場合でも、ツールデータが残るように
なっております。
但し、その場合でもサブツールパレットに戻すことはできませんので、
やはりsutファイルとして書き出して保管ください。
※サブツールはブラシパターンとの紐付きなどもあるため、
フォルダとしてのバックアップはおすすめいたしません。
ダウンロードした素材に関しては、すでにご記載いただいている通り、
[CLIPStudioCommon]のバックアップを取り、同階層に配置すれば、
別の環境などでも同じように使用できます。