400%という表示倍率だと、線が極端に拡大されるので、
その分ドットは目立ちます。
例えば、こちらで配布しておりますサンプルデータも、
読み込み後に線の部分を400%にすると、ジャギーなどが
顕著に見て取れます。
こちらはラスター画像の性質上、必ずこのような見え方になるため、
恐れ入りますが表示倍率を下げるなどして対応いただければと思います。
なお、もし他のソフトなどと比べて明らかに違うといった場合は、
お手数ですが具体的な状況を確認するため、比較画像を
添付ください。
また、直接スキャンする機能については、現段階では未定と
なっております。