ご記載いただいた操作につきましては、CLIP STUDIO PAINTでも可能です。
■Ctrlキーを押している間、参照先が変わる
こちらは塗りつぶしツールの事でよろしいでしょうか。
CLIP STUDIO PAINTの場合は、Shiftキーを押している間に
同様の操作が可能です。
従来通りCtrlキーを使用したい場合は、[ファイル]メニュー
→[修飾キー設定]からカスタマイズして割り当て可能です。
■Altキーでレイヤーアイコンをクリック
CLIP STUDIO PAINTでは、Ctrlキーを押しながらレイヤーのアイコンを
クリックすることで選択範囲が取れますので、お試しください。
よろしくお願いいたします。