消しゴムの[レイヤー貫通]のサブツールを使用している場合、
すべてのレイヤーの内容を消去しますので、別のサブツールを
ご使用ください。
[レイヤー貫通]でない場合も、すべてのレイヤーを消去する設定に
なっている場合は同様の動きになります。
ツールプロパティ右下の工具アイコンをクリックして[サブツール詳細]を
開き、[消去]カテゴリで[すべてのレイヤーを消去]のチェックを
OFFにしてから消去をお試しください。
なお、この掲示板はCLIP STUDIOの掲示板のため、CLIP STUDIO PAINTの
掲示板に移動させていただいてもよろしいでしょうか。
お手数ですが、ご確認をお願いいたします。