ご覧いただいたスレッドにも記載がございますが、塗り足し部分は製本時に
ほぼ切り落とされるため、トンボの外側同士を合わせた見開きページで
ページをまたいだ絵を描くと、その分境目部分の描画が欠落する可能性がございます。
そのため、通常はお客様のご認識通り、0mm(=仕上がり枠の位置)で
合わせていただいくのが一般的です。
※製本時の本の厚さや、製本方法によってはこの限りでなく、
もっと内側で合わせる場合もあります。
見開きにする際に、描画されていないレイヤーを削除するかどうかは
自由に決めていただいて大丈夫です。
不要なレイヤーを削除する手間を省くためのものですので、
レイヤーを残しておきたい場合はチェックを切っていただいて
問題ありません。
最終的な見開きページの扱いについては、単ページに戻しても
問題なく書き出せます。
ただ、単ページにすると後から直しを入れる時に不便かと思われますので、
見開きのままにしておいて、書き出しの際に単ページで出力する方法が
よろしいかと存じます。