アンチエイリアスの無いモノクロの線は、モニタ上で見るとどうしても
汚く見えてしまうかもしれませんが、600dpi等のモノクロマンガ向きの
解像度にさえしていれば、印刷後の画質には問題はございません。
逆にアンチエイリアスをかけた線は、モニタ上では綺麗に見えますが、
モノクロ印刷で出力するとアンチのボケ足部分は強制的にモノクロ表現に
変換されて出力されるため、予期しない仕上がりになる可能性もあります。
もちろん印刷機にもよるため、結果的に問題ない仕上がりに
なる場合もありますが、そういったリスクを極力排除するためにも
モノクロマンガの場合はあらかじめアンチエイリアスを付けずに
線を描画するのが一般的です。
上記をご確認の上、作業する表現色をご選択いただければと思います。