[CLIPStudioPaintVer1_1_0]というフォルダには、ショートカットや、
環境設定でカスタマイズした設定等が保存されておりますので、
このフォルダを移行した場合はご認識通り、あらゆるカスタマイズ内容が
移行されます。
[取り消し]時にどの程度まで取り消すかは、環境設定で設定が可能です。
[ファイル]メニュー→[環境設定]を開き、[パフォーマンス]を選択します。
[描画終了後、別の取り消し対象と判断するまでの時間]を編集します。
数字が大きいと、短い時間で複数のストロークをした場合に、
まとめてアンドゥされるため、確実に一筆ずつアンドゥしたい場合は
この数字を下げてみてください。
お手数ですが、ご確認をお願いいたします。