アナログで描いた線画をスキャンして読み込むと、読み込み直後は、
線以外の白部分が、実際に白色で塗られている状態になっています。
このままですと、線画のレイヤーよりも下にレイヤーを作成して
背景を描いても、線画レイヤーの白色に隠れて見えない状態です。
そのため、線画を取り込んだら、白部分を透明にする処理を
していただければと思います。
線画レイヤーを選択して[レイヤー]メニュー→[ラスタライズ]で
ラスタライズし、次に[編集]メニュー→[輝度を透明度に変換]で
白部分を透明にしてみてください。
※灰色の格子になっている部分は、透明の部分です。
透明色を視認できるようにするには、レイヤーパレットで[用紙]レイヤーの
目のアイコンをクリックして用紙を非表示にします。
お手数ですが、ご確認をお願いいたします。