[1]及び[2]については、ComicStudioの3DLTレンダリング機能と
同等の事かと思われますので、CLIP STUDIO PAINTでは
下記の手順でお試しください。
1.3Dを読み込んで任意の角度・大きさで配置します。
2.[ツールプロパティ]で[光源]にチェックを入れます。
3.[レイヤー]メニュー→[レイヤーのLT変換]を選択します。
上記手順で、3Dの陰影をトーンに変換してレンダリングできます。
また、トーンが不要で線画のみを出したい場合は、LT変換の
ダイアログで[トーンワーク]のチェックを外します。
3Dにテクスチャが付いていて、テクスチャの線を出したくないという場合は、
上記に加えて[テクスチャのライン抽出]のチェックを外しておきます。
なお、[3]の特定パーツの非表示については、恐れ入りますが実装が
ございませんため、オブジェクトツールで該当のパーツを動かして
離れた場所に移動させるなどしてご対応いただければと思います。
よろしくお願いいたします。