添付いただいた画像を拝見したところ、クリッピング元のレイヤーが、
白く塗られている状態の様です。
恐らく統合した際に用紙も結合されたと思われます。
※レイヤーのサムネイルで格子模様になっている箇所は透過状態です。
下図はサムネイルが白色になっているので、白く塗られている状態です。
線画以外の箇所が白塗りになっている状態だと、そこも描画箇所と
みなされるため、クリッピングをしても線以外の場所にも
彩色されてしまいます。
そのため、線画のレイヤーを選択し、[編集]メニュー→
[輝度を透明度に変換]を選択して、線画の背景を透過してから
クリッピングをお試し下さい。
※透過することによって不都合がある場合は、お手数ですが
別途レイヤーを作って白塗りを行ってください。
なお、この掲示板はCLIP STUDIOの掲示板のため、CLIP STUDIO PAINTの
掲示板に移動させていただいてもよろしいでしょうか。
ご確認をお願いいたします。