どのように薄くなっているかによって方法が異なりますので、
下記をお試しいただけますでしょうか。
■線の不透明度が下がっている場合
線が半透明になっている場合は、線画のレイヤーを複製することで
色が重なって濃くなります。
任意の濃さになるまで複製し続けたら、複製したレイヤーを
すべて選択して一つに統合します。
■薄い色で描画している場合
不透明度100%の薄い色で線を描いている場合は、その色よりも濃い色を
カラーパレットから選択し、[編集]メニュー→[線の色を描画色に変更]で
線全体の色を変えられます。
線画の色を取得しておき、[近似色]パレットでイメージに近い
濃い色を選択すると良いかと存じます。
ご希望の動作になるかどうかご確認ください。