http://www.clip-studio.com/clip_site/support/request/detail/svc/54/tid/37601
の問題が修正されていないので、
サポート担当さん 2014/08/17 11:18:30の説明の操作だけだと、
カラー写真をトーン化した場合、変なトーン濃度になります。
例 写真は私が撮影したものです。
トーン濃度をわかりやすくする為、表示倍率を下げています。
トーン化を行なって、階調化の設定を併用すると正常なトーン濃度になりますが、
階調化を使用していない場合が異常な状態なので、元の状態と整合性が取れずに混乱します。
この変なトーン濃度になる現象を回避する例としては、
画像素材の場合はラスタライズを行い、レイヤーの表現色をグレーに変更して、
[プレビュー中の表現色を適用]で変更を確定します。
その後で、レイヤープロパティパレットから効果の[トーン]を選びます。
補足
トーン化を行なうレイヤー上にあるのが黒～灰～白の色か、色は黒でピクセルの不透明度でできている状態であれば問題ないので、お好みの方法でグレー化してください。
効果の[トーン]をクリックしてONにしてください。
よろしくお願いいたします。