添付いただいたスクリーンショットを拝見したところ、JPEG形式で
保存をされているようです。
JPEGはレイヤー構造を保持できない汎用形式なので、レイヤーを維持する場合は
CLIP STUDIO PAINT形式で保存いただければと思います。
[ファイル]メニュー→[指定の形式で保存]→[.lip(CLIP STUDIO PAINT)]で
保存を行ってください。
一度CLIP STUDIO PAINT形式で保存すれば、以降は[ファイル]メニュー
→[保存]で上書き出来ます。
ご確認のほどよろしくお願いいたします。
非常に見にくくてすみません。
このイラストの目の部分が青くなっていると思います。
それはもともと違うレイヤーに描いてあったものです。