コマ枠を結合したい場合、下記の手順をお試しください。
1.レイヤーパレットで結合したいコマを選択状態にします。
目のマークの隣の空間にチェックを入れると複数選択できます。
2.[レイヤー]メニュー→[定規・コマ枠]→[コマ枠を結合]を選択します。
3.ダイアログが出るので、[フォルダーのみ結合]にチェックを入れて
[OK]をクリックします。
上記手順でコマ枠が一つのコマ枠フォルダーにまとまります。
この状態でペン入れなどのレイヤーをコマ枠フォルダーに入れれば、
各コマに表示されるようになります。
お手数ですが、ご希望の操作になるかご確認をお願いします。