線画と塗りのレイヤーが分かれていれば、自動選択ツールを
使うことで効率的に消去できます。
1.自動選択ツールの[編集レイヤーのみ参照選択]を選択します。
2.レイヤーパレットで線画のレイヤーを選択し、線画の外側を
クリックして選択範囲を作成します。
3.レイヤーパレットで塗りのレイヤーを選択します。
4.[編集]メニュー→[消去]で線画の外側の塗りのみ消去できます。
※Deleteキーや、コマンドバーの[消去]アイコンからも消せます。
ご希望の操作になるかどうかご確認をお願いいたします。