汎用形式の画像を読み込んだ場合、上書き保存をするとその形式で
保存されますので、取り込んだ画像で作業する場合は、[ファイル]
メニュー→[別名で保存]でCLIP STUDIO PAINT形式で保存してから、
以降は上書きをしていただければと思います。
結合されたレイヤーを分離する場合、[選択範囲]メニュー→
[色域選択]で色ごとに選択範囲を取ってレイヤーを切り取る
方法などになります。
ただし、線にアンチエイリアスがかかっている場合はきっちり切り取る
事が難しいためご留意ください。
塗り部分のコピーを取った後、元のレイヤーにレベル補正を
かけるなどして塗り部分を可能な限り白く飛ばし、線のみ
抽出する方法も考えられますので、お試しください。