いずれもご記載いただいた通りのご認識で間違いございません。
・グラデーションについて
グラデーションレイヤーを作成した場合は、後からグラデーションの
長さや向きなどを調節できます。
編集レイヤーに直接描画した場合はあとから細かい調整は出来ません。
・トーン化について
不透明度を20%、線数を60にしたラスターレイヤーをトーン化した場合、
濃度20%、線数60のトーンレイヤーと同じ網点トーンになります。
トーン化しているレイヤーの場合、レイヤーの不透明度の操作をした際は
網点の大きさが変更される事でトーン濃度が変化します。
※トーン部分を拡大した状態で操作すると分かりやすいです。
網点自体の透過はされないためご安心ください。
※レイヤープロパティで[レイヤーの不透明度を反映]のチェックを
外すと、不透明度を下げた際に網点自体が薄くなってしまうので
ご留意ください。