選択範囲を取った後に、[Delete]キーを押しても、白部分が消えない状態でしょうか。
その場合、スキャンした画像が、[画像素材レイヤー]として読み込まれている
可能性があります。
スキャンした画像のレイヤーを選択した状態で、[レイヤー]メニュー→
[ラスタライズ]を選択し、ラスターレイヤーに変換してから、再度選択範囲を
取って消去をお試しください。
また、透明部分の表示をしていないと、一見透過されたように見えないので、
[用紙]レイヤーを非表示にした状態でご確認ください。
用紙レイヤーを非表示にした際に、白部分が格子模様で表示されれば透過されている状態です。