横から失礼します。
＞色の微調整をしているのですが、レイヤーに塗った色を透明度を調整して色を決めた場合
＞下の色や線が透けないようにすることは出来ますでしょうか？
＞色調補正レイヤーでの調整ではなく、単に色を薄くしたかったのですが下の線が透けてしまい
＞どうしようかと。
とのことですが、レイヤの不透明度を下げた場合、
そのままでは担当さまが仰るとおり下の色が透けて見えてしまいます。
ただ、不透明度を下げたレイヤ（以下「元レイヤ」と表記）のすぐ下に
新規レイヤ（ラスタレイヤ）を作成してこれを
白で塗りつぶすことで色が透けることがなくなりますので
こちらを試されてみてはいかがでしょう？
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1.まずクリスタを立ち上げ、問題のファイルを開きます。
2.次にレイヤパレットから元レイヤを選択、
「レイヤ」→「レイヤから選択範囲」→「選択範囲を作成」で範囲指定します。
（Ctrlを押しながらレイヤのサムネイルをクリックなどでも構いません。
momoiroumiushiさまのやりやすい方法でどうぞ）
3.範囲指定できたら「レイヤ」→「新規ラスタレイヤ」で新規レイヤを1枚作成、
選択範囲ランチャの「塗りつぶし」や「塗りつぶし（編集レイヤのみ参照）」ツールなどを使用して
白（RGB 255.255.255 (#FFFFFF)）で塗りつぶします。
（塗りつぶすのは別の色でも構いませんが、その場合は色合いが変わってきますのでご注意を）
4.あとは「選択範囲」→「選択範囲を解除」（Ctrl+Dでも可）などで
範囲指定を解除して（3）で塗りつぶしたレイヤを元レイヤより下に移動すれば完了です。
（必要に応じて「下のレイヤと結合」などで結合してください）
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以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、
少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
下の色が透けてみえるようになります。
お手数ですが、色調補正レイヤーなどを使用いただき、
色を調整いただけますようお願いいたします。
よろしくお願いいたします。