こんにちは。
Mac OSXならCLIPSTUDIOPAINTを起動させてCLIPSTUDIOPAINTメニューの「ライセンス登録」にダウンロード版のシリアルナンバーを入力して認証します。
なお、intuosComic付属のCLIPSTUDIOPAINTPROは2年ライセンスでライセンス照合して2年間はPROとして使用できますがそれを過ぎるとDEBUTと言う機能制限版にダウングレードします。
http://www.clipstudio.net/paint/functional_list 使用できる機能はこちらの機能一覧から確認してください。
パッケージ版のほうは永久ライセンスですのでダウングレードなどの制限はありません。
参考まで。