[移動マニピュレータ]を使っている場合、カメラの距離を
変えている可能性があります。
その場合、オブジェクト自体のサイズを変えるのではなく
視点の距離を変えているので、モデルが一緒に拡縮されて
見える状態です。
貼り付け時にキャラ同士の位置が離れてしまうという場合は、
素材パレットの貼り付けボタンからモデルの貼り付けをお試しの上、
位置調整をして下さい。
オブジェクト自体のサイズを変えたいという場合、[ウィンドウ]メニュー→
[サブツール詳細]を開き、[配置]タブで[オブジェクトスケール]の
スライダーをご調整ください。
上記のいずれかで、ご希望の動作になるかご確認をお願いいたします。
なお、CLIP STUDIO PAINTの3D操作はお使いのPCのグラフィック性能や、
作成しているキャンバスのサイズによって、動作が重くなる場合が
ございますのでご留意ください。