CLIP STUDIO PAINT上では、キャンバスの倍率が小さい場合に
網点トーンをグレーでプレビューして、きれいに見せています。
レイヤーを統合すると、ただのラスター画像になるため、
本来の網点の見え方になります。
表示倍率を100%(ピクセル等倍)にした状態なら、統合前・統合後で
見え方に変化はございませんのでご確認ください。
また、カラー原稿における合成モードですが、本来レイヤーを
結合した場合は合成モード時の見え方が反映されます。
こちらも表示倍率を100の状態にし、統合前と統合後を比較して
変化が生じるかどうかご確認いただけますでしょうか。