新規で作成いただいているキャンバスですが、[B4判]だと、仕上がりサイズが
B4になるため、キャンバス全体はさらに一回り大きいサイズの原稿になります。
スキャンで読み込んだ線画を拡大すると、その分引き伸ばされて
画質が落ちるため、線がガタガタになる可能性があります。
アナログで描いた原稿用紙が商業用のB4サイズであれば、[B4判]ではなく
プリセットの[商業誌用]サイズが該当します。
また、最終的な製本サイズはどれくらいを予定していますでしょうか。
もしB5等を予定している場合、商業誌用のサイズのままPSDで保存すると、
印刷機側で縮小されることになるので、トーンにモアレが発生する
可能性があります。
そのため、CLIP STUDIO PAINTからPSD出力する際にA4(仕上がりB5)サイズに
縮小するか、初めからB5判(A4)のキャンバスに線画を読み込んで縮小し、
トーンを貼っていただいた方が良いかと存じます。
取り込んだ線画レイヤーの変換方法については、ご記載いただいた手順で
問題ないかと存じますが、レイヤーを統合してしまうと書き出し時に縮小をかけた際に
トーンがモアレてしまうので、レイヤーは統合せずにPSD保存してください。
[ファイル]メニュー→[書き出し]からPSD出力すれば、自動的に統合された
データとして保存されます。
ご確認のほど、よろしくお願いいたします。