カラー素材をトーン化すると、網点の白色部分は透明でなく
白で塗られた状態になっております。
レイヤープロパティで[画像の輝度を使用]にすることで、
白部分を透明に変更出来るため、線が下にある場合はそちらが
表示されるようになります。
一方[乗算]はレイヤーの合成モードのため、画像同士が重なっている
箇所に対して処理が行われますので、線と重なっている部分のみ
線の黒色の方が優先して表示され、線と重複していない網点の
白部分は白色のままとなります。
トーンの下はすべて透かして表示したい場合は[画像の輝度を使用]に
するなどして、使い分けをしていただけると幸いです。