ご不便をおかけし、申し訳ございません。
CLIP STUDIO PAINTの終了時に、ワークスペースの状態が
正しく保存されていない可能性がございます。
まずは、すべての設定が保存されていないのか、ワークスペース情報のみが
保存されていないのかの切り分けをさせていただければと思います。
お手数ですが、下記についてご確認いただけますでしょうか。
・ワークスペースのリセットをお試しください。
> ワークスペースの登録も試したのですが、
> その登録名になっているにも関わらず元に戻っています。
上記の状態で、[ウィンドウ]メニュー→[ワークスペース]から、
["※登録したワークスペース名※"をリセット]を選択した場合に
登録したときのワークスペースに戻るかどうかご確認ください。
・ワークスペース以外でカスタマイズした内容が、再起動後に保持
されているかどうかご確認ください。
例えば、サブツールパレット左上のメニューボタンから、
[カスタムサブツールの作成]を選んで、新しくサブツールを作って
再起動した際にきちんと表示されるかご確認ください。
・お使いのセキュリティソフトの名称とバージョンをお知らせください。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。