ご質問いただいた件について、それぞれ回答させていただきます。
１．網点トーンの登録
まずは適当な大きさの選択範囲を作り、[新規トーン]から
任意の設定のトーンを作成します。
トーンレイヤーが作られたら、マスクのレイヤーをゴミ箱に
ドラッグしてマスクを削除します。
その後、[編集]メニュー→[画像を素材として登録]して下さい。
２．消えたトーン
素材パレットで、[60線]や[20%]など、トーン設定に関連する
タグで絞り込みをしている場合、[トーン化]のチェックを外すと
その絞込みから除外されるため、一見消えたように見えます。
そのため、タグの絞り込みを一旦解除してから、グレーになっている
サムネイルを探していただき、再度[トーン化]をONにしてください。
※本来既存の素材を上書きで保存することはないので、他の素材についても
タグを解除後に表示されるかご確認ください。
お手数ですが、ご確認をお願いいたします。