恐れ入りますが、CLIP STUDIO PAINTはワークスペースごとに
インターフェースの色を登録することが出来ません。
こちらはご要望として承り、今後の開発にて検討をさせていただきます。
ご希望の内容とは異なりますが、視覚的な判別を付けやすくする場合、
パレットの配置を大幅に変える等がございます。
例えば[ウィンドウ]メニューの[ワークスペース]から、既存の
[コミック][イラスト]それぞれのワークペース切り替えを
お試しいただくと、パレットの並びが異なり、比較的
判別しやすいと思われます。
カラーの方のワークスペースに、カラーサークルパレットや
カラーセットパレットなどの色味が目立つパレットを
配置するのも分かりやすいかもしれません。
なお、使用するペンを間違えやすいという事であれば、
カラー用のペンとモノクロ用のペンそれぞれに特定の
ショートカットを割り当てると、別のツールを選んでいた場合も
スムーズに元のペンに戻せるかと存じます。
一つの案ではございますが、よろしくお願いいたします。