普段グラデを作るときはツールからではなく、グラデレイヤーで作るやり方をしているので、そちらのやり方でやってみましたがよろしいでしょうか？
（回答にあったようにツールからやってみましたが、原稿が横に4分割されて帯状に白、黒、白、黒と現れるだけでグラデーションになりませんでした・・）
グラデトーンを作り、レイヤープロパティの「トーン化」をオンにし「レイヤーカラー」を白に変更すると、画面が真っ白になりました（レイヤーの順序は上からグラデ→線画です）。
下にカラーで塗りつぶしたレイヤーを置きましたが見えない状態です（グラデレイヤーを消せばカラーレイヤーが現れます）。
試しにグラデのレイヤーカラーを変えてみるとグラデが現れるので、グラデは出来てはいます。
この状態で、グラデのドットのみ線画の上に表示させ（ドット（白）部分だけ線画が隠れるように）、他は透過されるようにしたいのですが・・・、
試しに、グラデレイヤーをラスタライズ→輝度を透明度に変換→「トーン化」→「レイヤーカラーを白に変換」すると、線画の上に白グラデができました。
このやり方で大丈夫でしょうか??
パレットで[描画色から透明色]を選択してください。
その状態で、キャンバスをドラッグして頂くと描画色から
透明色のグラデーションが描画されます。
その後、レイヤープロパティパレットにて[トーン]と
[レイヤーカラー]をオンにし、[レイヤーカラー]を
白に変更してください。
グラデーションをかけるレイヤーの下にカラーで塗り潰された
レイヤーを配置すると効果がよく確認できます。