ご不便をおかけし申し訳ございません。
恐れ入りますが、こちらで同じような現象の再現が出来ていないため、
詳細状況の確認のために以下についてお知らせいただけますでしょうか。
・お使いのCLIP STUDIO PAINTのバージョンをお知らせください。
・「複数選択してトーンを貼るとき」とご記載いただきましたが、
複数の選択範囲を取得して、トーンレイヤー上で塗りつぶしを
実行する、と言う方法でよろしいでしょうか。
手順が異なるという場合、詳細についてお知らせください。
・Ctrl+Zで戻れなくなった状態で、[ウィンドウ]メニュー→
[ヒストリー]パレットを開いてスクリーンショットを撮り、
返信に添付ください。
また、ヒストリーパレットにこれまでの操作が表示されている場合、
何段階か前の操作をクリックした際にそこまで戻れるかご確認ください。
・データを問わず再現しますでしょうか。
それとも特定の作品データでのみ再現しますでしょうか。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。