恐れ入りますが、ファイルが自動的に消えることは考えづらいため、
詳細の状況を確認するために、以下についてお知らせください。
・表示が赤くなっているのは、[Not Found]の表記になっている状態でしょうか。
・複数のファイルが開けなくなったとの状況ですが、それらのファイルは
いずれも同じ場所に保存していましたでしょうか。
それとも別々の場所に保存していたでしょうか。
覚えている場合は、PC内のどの場所に保存していたかもお知らせください。
・比較的最近作業したファイルの場合、CLIP STUDIO PAINTを起動し、
[ファイル]メニュー→[最近使ったファイル]内に該当ファイルの
表示があるかどうかご確認ください。
・ここしばらくでファイルやフォルダの移動などのデータ整理を
行ったことはありましたでしょうか。
お手数ですが、ご確認をお願いいたします。