以下、ご回答とご確認をいただけますでしょうか。
1.
[不透明度]を50%に設定したのはレイヤーの不透明度でしょうか。
もしくはブラシの不透明度でしょうか。
2.
不透明度を100%下げた場合、下部のレイヤーが透けて表示されますので、
おそらく塗りの下にあるレイヤーの、画像の色が濃くなっている箇所に
何らかの描画線が存在しているのかと存じます。
塗り以外のレイヤーを全て非表示にし、
色が濃くなっている箇所が消えるかどうかご確認ください。
消えた場合、非表示にしたレイヤーを一つ一つ表示していき、
表示にすると濃い色が現れるレイヤーを特定してください。
特定したレイヤー内の色が濃くなる箇所に描画されているものがないか確認し
消しゴムや[消去]コマンド等で何もない状態にしてください。