グレーで塗ったレイヤーを、トーンをONにした一つのレイヤーフォルダに
すべて入れているのであれば、出力時にモアレることはございません。
書き出し設定ダイアログの[色の詳細設定]で、[レイヤーに付与された
トーン効果を有効にする]のチェックを入れる点だけご留意ください。
このチェックが外れていると網点ではなくグレーの状態になってしまいます。
選択する表現色ですが、陰影以外のトーン(キラキラの効果や柄など)を使っていて、
それらはグレースケールのままにしておきたいという場合はそのままグレースケールで
出力してください。
トーン化した個所は網点トーン状態で出力され、グレーの個所はグレーで出力されます。
他にグレーのトーンが一切無く、線画もアンチエイリアス無しの
モノクロにしたいという場合は、書き出し時の表現色を
[モノクロ2階調(閾値)]にしてください。
ただこの設定で出力した場合、トーンの方もすでに網点になっていますので、
グレースケール原稿というよりはほぼモノクロ原稿と同じ状態になります。