はじめまして。
厚塗りをしたいと言っても人によって塗り方やレイヤーの使い方も様々で、これが正しい!という方法はないです。
1から学びたいならメイキング講座などを見ながら一通りマネしてみると良いと思います。
別のレイヤーの色が混ざって困るのであれば塗る前に『色分け』をされると良いですよ。
▽こちらのメイキングなどわかりやすいと思います。
https://howto.clip-studio.com/library/page/view/clipstudiopaint_making_kina_003
CLIPサイトの『使い方講座』には素晴らしいメイキング講座が揃ってますので、気に入った絵師さんのマネから始められると良いと思います。
https://howto.clip-studio.com/library/series/view/clipstudiopaint_making
頑張ってくださいね!