例えばCLIP STUDIO PAINTの専用形式である.clipファイルを開いて
作業していると仮定した場合、以下の違いがあります。
・[画像を統合して書き出し]は、現在開いている.clipファイルはそのままで、
JPEGファイルを新しく作り出して保存します。
コマンドの実行後も、開いているファイルは.clipファイルのままです。
[複製を保存する]とも近いですが、[画像を統合して書き出し]は書き出し時の
詳細の設定が可能です。
・[別名で保存]は、現在開いているファイル自体を別のJPEGファイルとして保存します。
コマンドの実行後は、JPEGファイル自体を開いている状態となり、
.clipファイルの方は最後に保存した時点のデータとなります。
上記の通り、別名で保存すると編集対象が.clipからJPEGファイル側に移ってしまうので、
基本的には[画像を統合して保存]でJPEG出力していただく事をおすすめいたします。