ショートカットキー[E]の消しゴムは機能するとのことですので、
以下についてご確認いただけますでしょうか。
・CLIP STUDIO PAINTのバージョンをお知らせ下さい。
・[ファイル]メニュー→[ショートカット設定]を開き、設定領域を[ツール]にした際に、
ペンに[P]が割り当たっているかご確認ください。
・ショートカット設定で、消しゴムツールに対して[P]を割り当て、ペンツールに対して
[E]を割り当てた時に、それぞれどのような動作になるかご確認ください。
・ショートカットの実行は、キーボードで直接キーを押していますでしょうか。
それとも、ペンタブレットの再度スイッチなどにキーストロークを割り当てて、
そちらから実行していますでしょうか。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。