私は素材をさがすからDLしたツール、アクション、カラーセットを書き出して外付けHDDに保存しています。
自作したツール、カラーセット、アクションも。
コミスタ&イラスタから移行したツールも書き出して保存してあります。
ツールの場合はサブツールパレットの該当ツールの上で右クリックして出てきたダイアログから「サブツールの書き出し」で。
ただ、一括で書き出せないのが難点ですが。
CLIPSTUDIOPAINTをshiftキー押しながら初期化すると自分で追加したツールなどが消えることはテスト版時代から知っているので
防衛の意味も込めて保存しています。
ちなみに、ダイアログには読み込みもありますが保存先から直接各パレットにドラックすることで読み込みできます。(複数読み込みも可能)