黒で描画していた線がすべて別の色になってしまった状態でしょうか。
その場合、レイヤーカラーがONになった可能性もありますので、
お手数ですが線画のレイヤーを選択した状態でレイヤープロパティを
確認し、レイヤーカラーがONになっている場合はOFFにしてみて下さい。
依然改善しないという場合、お手数ですが状況の確認のために、
キャンバス全体のスクリーンショットを添付ください。
なお、スクリーンショットの取得手順は下記の通りとなります。
1.[Command]+[Shift]+[3]キーを同時に押します。
(この場合、テンキーの[3]キーではなく、文字キーの[3]キーを使います。)
2.デスクトップに「ピクチャ 1」などの名前の画像ファイルが生成されます。
なお、この掲示板はCLIP STUDIOの掲示板のため、CLIP STUDIO PAINTの
掲示板に移動させていただいてもよろしいでしょうか。
お手数ですが、ご確認をよろしくお願いいたします。