レイヤー構成については、キャンバス上で構成を作ってから、
[レイヤー]メニュー→[素材登録]→[テンプレート]を選択して
素材パレットに登録を行ってください。
テンプレートとして登録すれば、新規ダイアログで[テンプレート]に
チェックを入れて選択をすることが出来ます。
解像度やトンボと、上記で指定したテンプレートについては、[ファイル]メニュー→
[新規]のダイアログで、登録したい内容を設定した後に、画面上部のフロッピーの
アイコンをクリックして、登録したい項目にチェックを入れてプリセット登録を行ってください。
登録すれば、プリセットのプルダウンから選べるようになります。
なお、恐れ入りますが素材パレットからフォルダを削除してしまった場合、
そのフォルダの中にある素材も削除されてしまいます。
ご希望に添えず申し訳ございませんが、削除したものは復元をすることは出来ません。