ご不便をおかけし申し訳ございません。
CLIP STUDIO PAINTのブラシカスタマイズなどの内容は、
ソフトウェアを終了した際に保存されて、次回以降の起動時に
反映されるようになっております。
そのため、ソフトウェアの再起動後に追加したサブツールが
無くなっていたという場合、ソフトウェア終了時の保存が正常に
行われなかった可能性があります。
お手数ですが、以下についてお知らせいただけますでしょうか。
・お使いのCLIP STUDIO PAINTのバージョン：
・お使いのセキュリティソフト名とバージョン：
・オートアクションは問題なかったとのことですが、[素材]パレットから
[オートアクション]パレットにドラッグして登録したものが、再起動後も
[オートアクション]パレットに正常に表示されていた状態でしょうか。
・CLIP STUDIO PAINTを閉じたときの操作手順をお知らせください。
例．ファイルメニューの[CLIP STUDIO PAINTを終了]をクリックなど
また、ソフトウェアの終了時にエラーメッセージ等が表示されなかったか
お知らせください。
・PCをシャットダウンいただいた際の操作手順をお知らせください。
また、CLIP STUDIO PAINTが閉じられていません、などのメッセージが
表示され、[強制的にシャットダウン]を実行されたことはございます
でしょうか。
・現時点で、CLIP STUDIO PAINTで何か一つサブツールパレットにブラシを登録して
CLIP STUDIO PAINTを再起動した場合は、正常に反映されますでしょうか。
この手順を何回かお試しいただき、反映されないことがあるかどうかご確認ください。
お手数ですが、よろしくお願いいたします。