恐れ入りますが、詳細の状況の確認のために以下について
ご回答いただけますでしょうか。
■お使いのCLIP STUDIO PAINTのバージョンをお知らせください。
※[ヘルプ]メニュー → [バージョン情報]で確認できます。
■[ファイル]メニュー→[新規]で新たにキャンバスを作成し、
レイヤーを3枚作って同じように不透明度の操作を行った際に、
同様に不透明度の数値が連動したり、実際の描画内容に変化が
起きない状態になりますでしょうか。
■上記現象が再現する場合、キャンバス上の画像とレイヤーパレットが
写る状態で画面全体のスクリーンショットを撮影して画像を添付ください。
【スクリーンショットの取得手順】
1.キーボードの[PrintScreen]または[Prt Sc]とキートップに表示されて
いるキーを押します。
2.[Windows スタート]メニューをクリックし、[すべてのプログラム]の
[アクセサリ]から[ペイント]を選択します。
3.[ペイント]というアプリケーションが起動します。
4.[編集]メニューから[貼り付け]を選択します。
5.[PrintScreen]キーを押したときの画面のイメージが貼り付けられます。
6.[ファイル]メニューから[上書き保存]を選択し、デスクトップなど適当な
場所にファイルを保存します。
ファイル形式はJPEGなどを選択してください。
大変お手数ですが、よろしくお願いいたします。