わたしは普段マンガを描かない（というか描けない）ため
まったく見当違いのことを言ってるかもしれませんが、
ブラシのサブツール詳細ダイアログを表示して「最低1ピクセル」にチェックを…と
書こうとしたら集中線って定規じゃなくそういうツールなんですね＾＾；
（しかも「最低1ピクセル」チェックボックスが無い？）
仕方が無いので、とりあえずアンチエイリアスありで集中線を作成（描画）したあとで
「レイヤ」→「レイヤのラスタライズ」でラスタライズしてから
「フィルタ」→「二値化」で種類を「閾値を基準」にして閾値「235」ぐらいで二値化してみることで
多少はマシになる…かもしれません。
（それと二値化するときには必ず「閾値を基準」を選択し、
「擬似階調」や「誤差拡散」にはしないようご注意を。
ジャリジャリになって余計に線が細切れになります）
アンチ無しで普通に集中線を使ってみたもの（500*500px、600dpi、表示倍率100%）
アンチありで描画したあと閾値235で二値化、さらにレイヤの種類を「モノクロ」に変えてみたもの
（条件は↑の例と同じ）
特に水平や垂直の線を太さを変えながら描くと、
線の先端や太さが変わったところが目立つ場合があります。
ComicStudioの集中線フィルタには、
「オーバーサンプリングをする」という機能があって、
目立ちづらくすることができたのですが、
CLIP STUDIO PAINTにはそういう機能はない……？
1200dpiで書き出したり、
アナログ風のブラシを利用すると、
目立ちづらくなるかも知れません。