画像の方、わかりづらくて申し訳ないです。
現在あるのは、人物の線画レイヤーと背景の線画レイヤー、そして下塗り用のレイヤーのみです。構成としては、
人物線画レイヤー
下塗り用レイヤー
背景線画レイヤー
という並びとなっています。
下書き用のレイヤーや、線画レイヤー以外のレイヤーはすべて消去してみましたが、変わらず。
本文での伝え方が悪かったのですが、例えば、髪の毛を塗りつぶすとすると

画像のように(こちら再び伝わらなかったら大変申し訳ないです)線画で区切られていない、何もないところで塗りつぶしが止まります。
この空いた白いところに再び塗りつぶしを使用すると、質問本文の画像のように、塗りつぶしが止まったところと、再び塗りつぶしたところの境界線の部分の色が濃くなるんです。
その状態でクリッピングレイヤーで塗ると、色が濃くなった部分だけ不自然な色になり、別の場所は、カラーサークルで指定した色通りに塗られるんです。
相変らず汚い文章ですが、解決策を教えていただけると幸いです。


重なりができるのは塗りつぶしのレイヤーがトレス線のレイヤーの上にあるからではないでしょうか
塗りつぶし用のレイヤーはトレス線の下に置いて塗りつぶしを実行します
添付された画像では何処に重なりがあるのかわかりませんでした
しつれいしました