教えて頂いた方法を試しました。
方法1は、グラデーションになりませんでした。
画像のように、どうやってもベタになってしまいます。

方法2は、グラデーションのマスクだけを利用して、新たにクリスタでグラデーションを作成する方法ですね。
現在は、方法2のやり方で対応しています。
改善されるまでは、方法2で作業しようと思います。
通常トーンのように、グラデーションの濃度も楽に直せると、作業的に大変助かります。
(グラデーションバーの三角▲が2つになり、クリスタの通常のグラデーションと同じ方法で濃度が直せるようになると良いです)
今後この件の調査と改善を、どうぞよろしくお願いします。
改善お待ちしています。

こちらでもComicStudioファイルをCLIP STUDIO PAINTに読み込んだ際に
グラデーションのノードが4点作成される現象を確認いたしました。
本現象につきましては引き続き調査を行い、改めてご報告させていただきます。
以下の手順でご操作頂くことで、トーンの濃度変更が可能でしたので
お手数ですが、ご希望の動作となるかご確認いただけますでしょうか。
■方法1
1.カラーパレットで変更したい明るさのグレーを選択します。
2.[オブジェクト]ツールを選択した状態で、グラデ―ジョンレイヤーをクリックし
[ツールプロパティ]パレットの以下の画像で赤枠で囲まれている部分を
変更したい色を選択した状態でクリックしてください。
※2点とも同じ色でクリックします。
■方法2
1.グラデーションレイヤーのマスクを選択した状態で右クリックし
[レイヤーから選択範囲]を作成します。
2.グラデーションレイヤーの表示をオフにします。
3.[グラデーション]ツールを選択し[ツールプロパティ]パレットで
描画対象を[グラデーションレイヤーを作成]に変更します。
4.お好みの描画色でキャンバスにグラデーションを作成してください。
選択範囲に合わせて新たにグラデーションレイヤーが作成されます。
よろしくお願いいたします。