こちらのページに記載のある通り、TOYSTUDIOはルートA、
MetasequoiaはルートBに該当しますので、それぞれの
ソフトから出力したデータは軸が異なります。
本来は、ルートA同士、ルートB同士のパーツを組み合わせることを
想定しているため、今回のように軸が異なるデータ同士を組み合わせた際には
向きの整合性が取れなくなるかと思われます。
TOYSTUDIOで、ボディの首の部分(フェイスが取り付く部分)の
ボーンの軸を手動で変更出来るようでしたら、フェイスを付けた時に
正しくなるように調整することで、向きを一致させられるかもしれませんので、
一度お試しください。
問題なくいずれも読み込めたら、以降はルートBの流れに沿って
制作をお進めください。
ご確認のほど、よろしくお願いいたします。