私は最新の1.8.8・win7・EXです。
jpgでもpngでも再現されました。
私の手順としては、
キャンバスを作成→グレーレイヤをトーン化・ベタレイヤをトーン化→領域表示→統合して書き出し
で領域表示色のまま書き出されるまで、書いて消したりレイヤーの順番を変えたり、書き出し設定を変えたり何度か試した時にASKに投稿した半端に領域表示色が反映された書き出しが出来ました。
また、キャンバスを作成~~統合して書き出しの流れだけで1発で領域表示色が書き出されたパターンもありました。
元のCLIPファイルは保存していないのでありませんが、書き出したものはまだありましたので参考までに。
以下の点についてお知らせいただけますでしょうか。
・CLIP STUDIO PAINTのバージョンをお知らせ下さい。
※[CLIP STUDIO PAINT]アイコン → [バージョン情報]で確認できます。
・同じページ、キャンバスを複数回JPEG形式で書き出した際に、
トーンの領域表示の色が出力される場合とされない場合が
あるという事でしょうか。
よろしくお願いいたします。